Die Geheimorganisation SEELE greift NERV an! Die Invasion der Geofront hat begonnen, und SEELEs einziges Ziel ist die totale Vernichtung, insbesondere der drei EVA-Piloten. Shinji, dem die Kraft zum Kämpfen fehlt, läßt Asuka allein gegen die neun EVAs von Seele antreten.